本病可并发大脑发育迟缓，部分病人可并发全血减少。
并发症：可出现良性传染原发生不寻常反应或伴发少见的病原体感染.发生卡氏肺囊虫,巨细胞病毒, 风疹 或 水痘 性 肺炎 则提示 免疫缺陷 的可能性.上述感染所致的任何一型肺炎均可致命.
病情严重者可并发 瘫痪 。
肺部感染 是常见的并发症，并能诱发 呼吸衰竭 ，甚至导致死亡。应当积极治疗。 低氧血症 是常见的，在无明显诱因时也可能存在。如PaO2＜7．33kPa（55mmHg），应进行家庭氧疗。晚期合并肺心病 右心衰竭 时，按心功能不全治疗。反复发生 气胸 ，可作 胸膜粘连 术。
??????? 病情严重者，可并发完全性 瘫痪 。
在颈椎可并发 食管压迫型颈椎病 。
病情严重者，短时间即可并发 截瘫 。
最常见的并发症为栓塞，见于心脑、肾、脾及 肺栓塞 等。
本病的并发症主要是手术所引起，包括： ①症状不解除；肌层切开术后仍持续有 吞咽困难 ，或者早期复发，常常是由于肌层切开不充分，残留环形肌纤维丝，或粘膜外小血管未分断，粘膜自然膨出不全。这种情况术中仔细检查都能被发现，当食管肌层 切开并游离完之后用无侧孔胃管注气，使粘膜像车胎一样膨胀鼓起，如有环形肌丝或小血管未切断，尽管仅有几丝残留都会形成狭窄带，或狭窄条造成...
本病可并发神经系统症状，呼吸道感染，全身肌张力低下。成人型除可并发进行性智力和运动发育障碍。
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