本病由于是一种先天性疾病，脱位是在胎内已经形成的结果，并没有其它并发症报导，但会造成患儿的功能障碍和骨骼畸形。因些一旦诊断，需积极进行治疗。
椎体畸形可以累及一个或数个，累及一个椎体则可引起侧突畸形，若累及多个椎体可引起躯干萎缩，成“S”状脊椎弯曲。 本病还常合并其它畸形，如 先天性心脏病 、Sprengel畸形、 腭裂 等。
与儿童 白血病 的并发症相同。
先天眼震最常见的并发症有： 弱视 、侧视及 斜视 。至于侧视，实际其是代偿头位的反向表现。例如，当代偿头位为面向左转时，则双眼必然右转而侧视。关于斜视，根据统计资料，该并发症占21.1%，共同性外斜较多，占合并斜视者的60.6%，共同性内斜占30.0%，上斜占1.4%。
常见并发症包括 尿路感染 与结石。
本病的并发症较少报导，但随着本病的发展，胸锁乳突肌挛缩逐渐加重。头面部继发性畸形加重，患侧面部缩小，两眼不在同一平面，下颌向患侧转动受限，胸锁乳突肌挛缩呈条索状，颅骨发育偏而小，双肩不平。
小 肠结 肠炎及 肠穿孔 是先天性巨结肠的常见并发症，亦是引起死亡最多见的原因。有文献统计有20%～50%的病儿并发小肠结肠炎，其病死率约30%。肠炎可以发生在各种年龄，但以3个月以内婴儿发病率最高。90%的肠炎病例发生于2岁以内，以后逐渐减少。即使在根治术后或结肠造瘘术后亦偶有出现结肠炎者。Shono报道术后发生肠炎者占61%而多见于Boley手术后。So...
早期预防、早期诊断并精心治疗是减少术后并发症的先决条件。并发症主要是吻合口瘘、狭窄、瘘复发，尤其应注意吻合口瘘的防治，因它是术后最常见和最危险的并发症。常见的并发症： 1. 肺炎 。 2. 气胸 。 3. 食管穿孔 ，常因食管吻合口感染破溃穿孔。 4. 胸腔积液 或化脓性胸膜炎，需行闭式引流。 5.食管吻合口及胃、 肠瘘 。 6. 食管气管瘘 复发，术后有以...
发生于背部损害，先天性巨细胞型 色素痣 可并发 咖啡斑 、纤维瘤、 脂肪瘤 或 神经纤维瘤 等。
一般行 青光眼 手术后出现并发症，如前房出血、前房形成延迟或无前房、继发 虹膜睫状体炎 、 恶性青光眼 等
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