卡氏肺囊虫肺炎的并发症日益增多,如肺囊性病变、 自发性气胸 、上叶实变等,其表现变化很快且多种多样,如未经适当的治疗可迅速发展为 急性呼吸窘迫综合征 。
并发 菌血症 。累及胸膜引起 胸腔积液 。
可并发 脑膜炎 和全身感染。
并发 胸腔积液 ，合并抗 利尿 激素综合征。
若延误诊断或病原体致病力强者（如金黄色 葡萄球菌感染 ）可引起并发症。如 心肌炎 、 心包炎 、 溶血性贫血 、 血小板减少 、 脑膜炎 、 肝炎 、胰腺炎、 脾肿大 、 消化道出血 、肾炎、 血尿 、 蛋白尿 等。如在 肺炎 治疗过程中，中毒症状或 呼吸困难 突然加重，体温持续不退或退而复升，均应考虑有并发症的可能，如 脓胸 、脓 气胸 、 肺大疱 等。
晚期可出现 肺间质纤维化 ，并发 肺大疱 、 自发性气胸 等。
妊娠期 肺炎 病情常较重，易发展为 菌血症 或 败血症 ，可因内毒素而致 毒血症 ，出现 休克 、 弥散性血管内凝血 、 成人呼吸窘迫综合征 、心功能衰竭、肾功能衰竭等多器官功能衰竭(MSOF)，后果严重，可导致死亡。对围生儿影响可致胎儿死亡、 早产 、低体重儿及宫内感染(尤其是 病毒性肺炎 )。
心肌炎 、心内膜炎、 心包炎 、心衰、 急性肾功能衰竭 、 休克 、DIC、闭塞性细支气管炎（BO）或闭塞性细支气管炎伴机化性 肺炎 （BOOP）。
并发 细菌感染 ，产生 肺不张 、 肺水肿 、 低氧血症 、 急性呼吸窘迫综合征 ， 癫痫 。严重者可发生 呼吸衰竭 。
严重的枸橼酸杆菌肺炎可因 菌血症 或 败血症 而引起下列并发症： 感染性休克 、 呼吸衰竭 、急性 心肌炎 、心内膜炎、中毒性 肝炎 、急性肾衰、 肺脓肿 、 脓胸 、全身多发性 脓肿 、DIC等。这时可有相应受损脏器的症状和体征。同时病情恶化，病死率明显增加，预后差。
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