脑囊虫病可伴发 癫痫 ，也可与眼部囊虫合并存在，伴有不同程度视力下降。
日久因 玻璃体混浊 ，不易看见囊虫典型的形态，同时 视网膜脱离 等并发症也会出现，有时囊虫可钻入视网膜下而寄生。
本病常常合并其它部位的疾病，若脊柱受累， 囊肿 可压迫脊髓或神经根，则出现神经受损的症状和体征，甚至出现 截瘫 。晚期囊肿穿破骨皮质侵入周围软组织，则临床上可出现大包块。若穿破皮肤，可 继发感染 ，瘘管可长期外流脓液及包虫的碎片，难以愈合。临床上关节内受侵犯者很少，个别受累时，可导致病理性脱位。 骨 包虫病 患者还常合并有肝、肺、脑等其他部位病变。
肺炎球菌肺炎的并发症近年来已较少见。严重 败血症 或 毒血症 患者可并发 感染性休克 ，有 高热 ，但也有体温不升， 血压下降 ，四肢厥冷，多汗， 口唇青紫 。并发 心肌炎 时 心动过速 出现心律紊乱，如 早搏 、阵发性心动过速或心房纤颤。并发胸膜炎时，胸液为浆液纤维蛋白性渗出液；在青霉素应用以前时代，还有并发 脓胸 的报道。
关于本病的并发症极少见报导，对于需要进行手术的病人，在慎重的选择手术方式，尽量保存正常肺组织，防止切除过度的原则下也可以很好 地防 止术中及术术后并发症的发生。但若瘤体较大，对心脏大血管、肺组织产生了压迫症状，造成 胸廓畸形 的，也可能引起 肺炎 、 肺不张 、 支气管扩张 等并发症，而使病情加重或复杂化。故当临床和X线不能排除恶性肿瘤时应尽早手术。
... 免疫功能 不全，大量的 免疫抑制剂 ， 抗肿瘤药物 及 放射线 照射等的应用易诱发本病。在患者 免疫功能低下 的情况下发病最多。国外曾报道卡氏肺孢子虫肺炎是 艾滋病 患者最常见的 并发症 ，其中艾滋病成人患者 感染率 为59％，儿童患者为81％，是艾滋病患者主要死亡原因之一。由于艾滋病的流行，全世界的本病发病率逐年明显上升。 症状 为干咳、呼吸困难、紫绀、...
患者应予呼吸道隔离。改善病人的营养状态，减少非必要的免疫抑制化疗、放疗。对易感人群、高危人群，可采取药物预防。如复方磺胺甲噁唑，TMP按每天5mg/kg，SMZ按每天25mg/kg，分两次口服，每周3次，疗程5～18个月。也可用喷他脒气雾剂、胺苯砜等预防。目前尚无疫苗可用。
常为 菌血症 性 肺炎 ，如治疗不及时可出现 败血症 、胸膜炎、 脓胸 、 感染性休克 、 肾衰竭 等并发症，这时往往病情恶化，并有相应并发症的表现。
严重者有 呼吸困难 ，肺炎是完全可以治愈的，但处理不当或延误治疗就有可能危及生命。
可呈 癫痫持续状态 ，引起 脑积水 ，失明， 截瘫 ，假性肌肥大和 钙化 。可并发囊虫性 脑膜炎 ，交通性脑积水， 共济失调 ，并发 脑疝 等。
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