常见的并发症可有轻度 黄疸 ，颧骨隆起、鼻梁塌陷及 眼距增宽 ，心律不齐、心浊音界扩大，肝脏、脾脏肿大。
可并发支气管炎、 哮喘 、 肺气肿 及 液气胸 ，严重者可出现 截瘫 。
并发不同程度的 高脂血症 和缓慢进展的肾功能衰竭。本病亦可合并有 IgA肾病 、 狼疮性肾炎 、 膜性肾病 。
维生素 A 缺乏的全身症状如 消瘦 、 皮肤干燥 、失去弹性、 声音嘶哑 等。 如并发感染科发展为全眼球炎，最终失明。
反复并发各种严重感染，如 肺炎 ， 脓胸 ， 肺脓肿 ，肠炎和结肠炎，可至 肛瘘 。常见于肝脏、脾脏、肺及骨骼发生 脓肿 ，发生脑的曲霉脓肿。食管，小肠和输尿管可发生阻塞。常致身材矮小，并发 红斑狼疮 ， 幼年型类风湿性关节炎 等。
眼内炎症可导致 玻璃体混浊 、增生性粘连牵引、继发 视网膜脱离 、还可并发 白内障 、继发 青光眼 以及 视神经萎缩 等，最终可导致眼球萎缩而失明。
可发生DIC，皮肤、胃肠道可出血不止，可发生 低血压 、 休克 、电解质及酸碱平衡失调，由于组织多发性局灶性坏死，可并发胰腺炎、 睾丸炎 、 尿道炎 、腮腺炎、 舌炎 、 肺炎 、 唇裂 、 口腔溃疡 等。
掌部 纤维瘤病 ，本病有时与 酒精性肝硬化 、 糖尿病 和慢性 癫痫 伴发。
虫蚀状皮肤萎缩，可与先天性心脏阻滞或其他心脏异常、 神经纤维瘤病 、智力发育不全或Down综合征伴发。面部萎缩性毛周角化病(keratosis pilaris atrophicans faciei)，可与Noonan综合征及心-面-皮肤综合征伴发。
可以合并全身其他部位的 囊虫病 变，也可同时合并视网膜 玻璃 体囊虫、脑囊虫或皮下囊虫包块等。
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