某些抗原可以用荧光素标记，制成荧光抗原，标记荧光素的方法与制备荧光抗体方法相同。用荧光抗原可以直接检查细胞或组织内的相应抗体，特异性较好，敏感性较差。染色方法同荧光抗体染色的直接法。由于多数抗原难以提纯或量少不昂贵，一般很少采用此法。
本法应用直接法或间接法的原理和步骤，可对活细胞在试管内进行染色，常用于T和B细胞、细胞培养物、瘤细胞抗原和受体等的检查和研究，阳性荧光主要在细胞膜上。FACS即采用此法原理。
角膜 、 结膜 上皮 损伤或有 溃疡 时，可被 荧光素 染色 ，方法是点 无菌 的1%荧光素液于 结膜囊 内，然后用 生理盐水 冲洗，亦可用玻璃棒蘸少量药液于结膜囊内，进行观察。此时可见角膜、结膜破损处有嫩绿色着色，上皮完整处不染色。如有 角膜瘘 ，点荧光素后作轻压 眼球 ，可见角膜表面布满黄绿色荧光素，而在瘘管处则有液体流出，状如清泉外流。操作时注意勿污染...
革兰氏染色法 是为对 细菌 进行分类而常用一种 染色方法 . 这种方法最初是丹麦医师 革兰 首先发现和使用，所以被称为革兰氏染色法。即先将细菌涂在玻片上，用 结晶紫 初染，加入 碘 液后用 酒精 脱色。最后用稀复红复染，经这一系列处理后，菌体呈现紫色的为 革兰氏阳性菌 ，如 乳酸杆菌 、 破伤风杆菌 、 链球菌 、 葡萄球菌 等，均属这种类型；反之，经一系列...
革兰氏染色法 是为对 细菌 进行分类而常用一种 染色方法 . 这种方法最初是丹麦医师 革兰 首先发现和使用，所以被称为革兰氏染色法。即先将细菌涂在玻片上，用 结晶紫 初染，加入 碘 液后用 酒精 脱色。最后用稀复红复染，经这一系列处理后，菌体呈现紫色的为 革兰氏阳性菌 ，如 乳酸杆菌 、 破伤风杆菌 、 链球菌 、 葡萄球菌 等，均属这种类型；反之，经一系列...
革兰氏染色法 是为对 细菌 进行分类而常用一种 染色方法 . 这种方法最初是丹麦医师 革兰 首先发现和使用，所以被称为革兰氏染色法。即先将细菌涂在玻片上，用 结晶紫 初染，加入 碘 液后用 酒精 脱色。最后用稀复红复染，经这一系列处理后，菌体呈现紫色的为 革兰氏阳性菌 ，如 乳酸杆菌 、 破伤风杆菌 、 链球菌 、 葡萄球菌 等，均属这种类型；反之，经一系列...
革兰氏染色法 是为对 细菌 进行分类而常用一种 染色方法 . 这种方法最初是丹麦医师 革兰 首先发现和使用，所以被称为革兰氏染色法。即先将细菌涂在玻片上，用 结晶紫 初染，加入 碘 液后用 酒精 脱色。最后用稀复红复染，经这一系列处理后，菌体呈现紫色的为 革兰氏阳性菌 ，如 乳酸杆菌 、 破伤风杆菌 、 链球菌 、 葡萄球菌 等，均属这种类型；反之，经一系列...
角膜、结膜上皮损伤或有 溃疡 时，可被荧光素染色，方法是点无菌的1%荧光素液于结膜囊内，然后用生理盐水冲洗，亦可用 玻璃 棒蘸少量药液于结膜囊内，进行观察。此时可见角膜、结膜破损处有嫩绿色着色，上皮完整处不染色。如有 角膜瘘 ，点荧光素后作轻压眼球，可见角膜表面布满黄绿色荧光素，而在瘘管处则有液体流出，状如清泉外流。操作时注意勿污染被检者面部及衣服。由于荧光...
若切片或其他标本经某种荧光抗体染色后，未获得阳性结果，而又疑有另外的病原体存在时，可用相应的荧光抗体再染色。 有时存档蜡块不能再用以切片，也可用存档的HE染色标本，褪去盖片和颜色，再作免疫荧光或其它免疫细胞化学的染色。
在某些物质活性检测、神经递质共存的研究、临床肿瘤的分型、定性，以及预后的估测等中，ICC显示了巨大的优势，它不仅能与Carbon、荧光色素、同位素追踪标记及其它组织化学方法（例如PAS染色法）结合，显示两种物质的共存，提示组织细胞的功能，而且本身亦可进行双重染色，研究一些抗原物质的共存，这里仅简单介绍ICC双重染色的几种方法。
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