体重不增，可发生 肝硬化 和 门脉高压 ，出现 腹水 、 腹壁静脉怒张 和食管 静脉曲张 、 黄疸 等，易并发各种感染，死于慢性 肝功能衰竭 。
可形成瘘管，最后形成形状不规则的瘢痕，可引起附近皮肤并发瘰疬性皮肤结核，泛发性 淋巴结结核 ，有中等度或严重 贫血 。
各种 心律失常 ，以期前收缩多见， 心动过缓 ( 房室传导阻滞 )， 心动过速 (室性心动过速、房性心动过速)亦可有 心房颤动 、 心房扑动 ，并发 心力衰竭 、 心源性休克 、多脏器功能衰竭、 阿-斯综合征 。 新生儿心肌炎 常并发 黄疸 ，多脏器功能损害，DIC，出现心-脑-肝综合征等。
常伴有其他部位的严重感染，如化脓性 心包炎 、脓 气胸 、 脑脓肿 ，并发心、肺、肝、肾等器官的迁徙性 病灶 ，引致中毒性 休克 、多脏器的功能损害等。
发生 营养障碍 、 佝偻病 、 白内障 、 青光眼 、 智力低下 、 惊厥 、高血氯性肾小管中毒，晚期发生 慢性肾功能衰竭 。常并发各种感染，并可伴发 脐疝 ， 隐睾 等异常。
由于OSAS儿童长期缺氧，可影响其生长发育。30%～40%出现发育迟缓。可并发 高血压 、 肺水肿 、肺心病、 心律失常 、 充血性心力衰竭 、 呼吸衰竭 ，甚至 婴儿猝死综合征 。
长期接受免疫抑制药物治疗和器官移植的病人，发生CMV感染和 肺炎 时，易并发 细菌感染 ，也有合并 腺病毒感染 的。有的患儿可发生弥散性间质性 肺纤维化 （Hamman-Rich syndrome）
反复发生细菌性感染，如 反复肺炎 可导致 支气管扩张 。合并中枢神经系统感染，可形成非干酪性 肉芽肿 。可至慢性 吸收不良综合征 ，易并发多种自身免疫性疾病， 溶血性贫血 、 血小板减少性紫癜 、 恶性贫血 、 中性粒细胞减少症 、 类风湿性关节炎 、 系统性红斑狼疮 、 皮肌炎 、 硬皮病 、慢性活动性 肝炎 、多发性神经根炎、 克罗恩病 和非特异性 慢性...
可出现 心力衰竭 ，并发 感染性心内膜炎 。失去对掌功能，可伴有 高腭弓 、 腭裂 、身材矮小、面部发育不全、面部 血管瘤 、两侧 瞳孔大小不等 ，外耳道闭塞及胃肠道和泌尿生殖系等畸形。
可并发手足 抽搐 ，反复严重感染， 衰弱 而不易成活；可有神经精神发育落后和认知障碍，进行性肌强直， 步态不稳 ；可发生自身免疫性疾病，如 幼年型类风湿性关节炎 、 自身免疫性溶血性贫血 和甲状腺炎等。
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